En fælles udfordring i mange havnebyer er den fysiske adskillelse mellem havneområdet og byens centrum. Denne adskillelse kan være forårsaget af geografiske barrierer som terrænforskellene i Hirtshals og Hanstholm, af fysisk afstand som i Grenaa, af adskillende infrastruk- tur som det i større eller mindre omfang er tilfældet i alle de medvirkende havnebyer, eller mere funktionelt en ad- skillelse grundet en historisk udvikling, hvor havnen har udviklet sig til et separat og utilgængeligt industriområ- de.
Den fysiske adskillelse hæmmer integrationen mellem havn og by og påvirker, hvordan både lokale og besøgende oplever bylivet. Mange af de undersøgte havnebyer lider under en mangel på visuelle og fysiske forbindelser mellem havn og by. Eksempelvis viser un- dersøgelsen, at Rødbyhavn, på trods af sin lille størrelse og korte afstand mellem by og havn, er udfordret af en klar fysisk og funktionel adskillelse.
Adskillelsen mellem havn og by er vokset historisk - både fysisk, funktionelt og mentalt. Udfordringen med at inte- grere havneområderne i bylivet er et gennemgående tema i de undersøgte havnebyer. Flere, men ikke alle, havnebyer arbejder i dag aktivt på at (re)integrere hav- neområdet i bylivet for at skabe en mere sammenhæn- gende oplevelse for borgere og besøgende. Af dem, der gør dette, er der forskel på, hvor langt de er kommet med arbejdet. Gedser er et eksempel på en havneby, der for relativt nyligt har erkendt, at adskillelsen mellem by og havn skaber en barriere for, hvordan havnen op- fattes som en del af bylivet og dets tiltrækningskraft på nye beboere og turister. Derfor er der også udarbejdet en udviklingsplan for en kulturel transformation af Ged- ser Havn, og hvis investeringerne findes, kan dette bi- drage til en revitalisering af hele havnebyen.
I Helsingør har arbejdet pågået i mange år, og resul- tatet er en relativt stærk visuel og kulturel sammenhæng mellem havnen og byen, hvor havnen over tid er blevet et centralt kulturelt og socialt rum, der tiltrækker borgere og turister. Til trods for dette er der fortsat også udfor- dringer med by-havn-relationen i Helsingør, bl.a. pga. fysiske barrierer såsom jernbane og veje, der adskiller havnen fra byens centrum. Dette påvirker oplevelsen af byen som en sammenhængende enhed, og der arbej- des derfor stadig på at balancere og samtænke by- og havneudviklingen.
Den fysiske integration mellem havn og by er væsentlig, fordi den netop ved sin materielle form er meget syn- lig, konkret og håndgribelig. Den fysiske adskillelse/ integration mellem by og havn afspejler ofte de andre sammenhænge og forbindelser, der er og opleves af borgere og brugere.
